Jurusan Kimia Melalui Fakultas MIPA UII melakukan kegiatan kerjasama (MoU) dengan menjalin kerjasama dengan beberapa instansi di dalam negeri dan luar negeri. Kerjasama dalam negeri diwujudkan dengan melibatkan sektor institusi pendidikan, industri, dan institusi pemerintahan, seperti Institut Teknologi Sepuluh November (ITS), Badan Tenaga Nuklir Nasional (BATAN), Universitas Indonesia (UI), Balai Penelitian Teknologi Bahan Alam, Forum Musyawarah Guru Mata Pelajaran (MGMP), SMA/SMK, dan PT Mutu Agung Lestari. Kerjasama Luar negeri dilakukan dengan melakukan kolaborasi dengan beberapa universitas luar negeri seperti Faculty of Engineering Gifu University Jepang, Universiti Sains Islam Malaysia, Anchen University, Hokkaido University, Faculty of Applied Sciences University Teknologi MARA Shah Alam Malaysia, Universiti Tunku Abdul Rahman Malaysia, Prince of Songkla University Thailand, Universiti pendidikan Sultan Idris Malaysia, Taibah University Madinah, Kansai University Jepang, King Fahd University of Petroleum and Minerals Arab Saudi, Taibah University Al Mahd Branch Arab Saudi, dan National Tsing Hua University.
Kerjasama nasional dan internasional memberikan dampak sangat positif dalam bidang pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat dan dakwah islamiyah (Caturdharma Perguruan Tinggi). Selain itu Kerjasama ini juga memberikan manfaat dan kepuasan tersendiri bagi mitra FMIPA UII. Kerjasama tersebut dibuktikan dari beberapa kegiatan seperti penyusunan kurikulum PSMK, pelaksanaan kuliah daring, studi lanjut bagi dosen dan mahasiswa, program visiting professor, kegiatan sit-in bagi mahasiswa, program lectures exchanges dan student exchanges, kegiatan joint international competition, kegiatan review jurnal, program coaching clinic penulisan jurnal, pelatihan instrumentasi, program joint publication, kolaborasi penelitian, pembuatan bahan ajar, pelatihan bagi guru SMA/SMK, kegiatan praktikum bagi siswa-siswi SMA/SMK, pelatihan bagi kelompok tani, pelatihan instrumentasi bagi siswa-siswi SMA/SMK, dan workshop minyak atsiri bagi masyarakat sekitar.

Gambar 1. Penandatanganan MoU antara FMIPA UII dengan (a) PT Mutuagung Lestari, (b) USIM, (c) SMA N 1 Mlati, Sleman, Yogyakarta